舞台は大戦で崩壊した世界にある、子どもだけの疎開地《ラグーン》。
廃遊園地を利用した《ラグーン》で暮らす傭兵の少年・カイは、
あるきっかけで一人の少女・ミオと出会う。
銀髪で口下手、銃撃は得意でも
包帯が巻けない不器用な少女。

そこで、カイはミオの秘密を知る。
ミオはとある目的のもと、「探しもの」のために戦い続けていた。
彼女の姿に自分を重ねたカイは、ミオを自分の家に居候させる。
カイの幼なじみ、博士も住む家だ。

崩壊した世界でつかの間の安息を享受する主人公たち。
だが、楽しい日々は永遠ではない。
タイムリミットは刻々と迫っていて――